El zar la cerró en 1832, en represalia por la insurrección de 1830, y no reabrió sus puertas hasta 1915. Durante la ocupación nazi se suspendieron las clases y millares de profesores y estudiantes clandestinos fueron asesinados. En aquella universidad clandestina se inspiró la "universidad volante" que perduró durante la época comunista. En el patio principal se hallan el palacio Casimir, antigua sede de la famosa Escuela Militar, y el palacio Czapski, un bonito edificio barroco, actual Academia de Bellas Artes.