Construida en 1387, en los albores de la cristianización del país, la iglesia de San Juan existía ya cuando se fundó la universidad, aunque su aspecto barroco lo tomó en el s. XVIII. En el interior, los 10 altares que quedan de los 22 de origen (s. XVIII) componen un magnífico conjunto, abigarrado pero armonioso, único por estos lares. Las vidrieras fueron realizadas en París y Riga. El campanario, de 68 m, es el más alto del casco antiguo.