La iglesia de San Miguel es lo primero que se ve nada más poner pie en la isla-cementerio. Construida en piedra blanca de Istria por Mauro Codussi, fue la primera iglesia de estilo renacentista que se erigió en Venecia. Por motivos de seguridad no se puede acceder a la explanada, así que sólo podrá contemplar su inmaculada fachada desde el mar. Se accede al templo por el costado que da al pequeño claustro, a la entrada del cementerio. En el interior cabe destacar el suntuoso techo artesonado.