Este museo alberga las colecciones reunidas por la universidad desde su fundación en 1636: piezas anatómicas y modelos de cera, colecciones de odontología y oftalmología, animales disecados, fósiles, esqueletos (gabinete de curiosidades) y el patrón del metro y del kilogramo. El museo consta asimismo de un laboratorio (Jeugdlab) pensado especialmente para los más jóvenes y de un jardín botánico de 1724 con invernaderos, el Oude Hortus, en la parte trasera.