Esta iglesia es conocida por albergar la que para muchos es la obra cumbre del Greco: El entierro del conde de Orgaz. Esta obra ejecutada hacia 1586 relata la aparición de san Agustín y san Esteban para enterrar al conde de Orgaz. El talento y la genialidad del artista se ponen de manifiesto en los contrastes de luces y colores, que logran resaltar las caras y las manos reforzando así la sensación de recogimiento de los personajes.