Inaugurado en 2006, presenta el Yacimiento de Zoser, su historia, así como el trabajo de los arqueólogos que han excavado alrededor del complejo funerario. Hay una sala dedicada al arqueólogo Jean-Philippe Lauer que consagró su vida entera a Saqqara y a quien se debe la iniciativa de abrir este museo. En las demás salas se exponen numerosas tumbas y momias descubiertas en la región, así como estelas, estatuillas y sarcófagos encontrados durante las excavaciones de la necrópolis.