Instalado bajo el Mercado del Este desde 2013, este museo nos muestra la evolución de la cultura y el estilo de vida desde el Paleolítico hasta la Edad Media, partiendo de los hallazgos realizados en unas cincuenta cuevas prehistóricas cántabras. La época mejor representada es el Paleolítico superior. Pueden verse restos de animales, mobiliario, aperos, cerámica, monedas, así como unas estelas discoideas gigantes, enigmáticos emblemas de la cultura cántabra prerrománica.