Levantada a orillas del río Guadalupe en 1777, la octava misión de California se fundó en las inmediaciones de la bahía de San Francisco, trasladándose en 1781 a su emplazamiento actual. Fray Junípero Serra celebró misa durante la colocación de los pilares de la impresionante iglesia de adobe construida en 1784. La misión fue totalmente destruida en 1812 por un terremoto. En 1814 se construyó una nueva iglesia, utilizada primero como misión y luego como parroquia hasta que fue destruida por un incendio en 1926. El edificio actual se parece al original de adobe de 1784. Campanario adosado, tejado de arcilla construido con tejas de otras misiones más antiguas y estatuas de santos. Cruz de madera en la fachada de 1777, año de fundación de la misión. Techo interior victoriano pintado, copia de la obra original del artista mexicano Augustín Davila. La sencilla capilla de S. Francisco (detrás del santuario principal) conserva techo, suelo y muros originales. A la izquierda de la iglesia hay un rectángulo de terreno que aún cuenta con algunas de las plantas (olivos, rosales y glicinas) de la época de la misión.