La "madre de las misiones" de California debe su nombre a Diego de Alcalá, franciscano sevillano del s. XV dotado del poder de curación. Fundada inicialmente en 1769 por fray Junípero Serra en la parte alta de Presidio Hill, en 1774 fue trasladada a la vertiente norte del valle del río San Diego. En 1775 fue incendiada y saqueada a raíz de una revuelta de los indios kumeyaay, tras lo cual fue reconstruida, ampliada y rodeada de un muro de adobe. En 1813 se acabó de construir una nueva iglesia, más grande y resistente a los seísmos. La rudimentaria Casa del Padre Serra, donde se hospedaba el fraile durante sus frecuentes visitas a la misión, es todo lo que queda del monasterio primitivo. Algunas vigas y ladrillos de adobe del baptisterio así como algunas baldosas del suelo pertenecen a la iglesia de 1813. No deje de ver, en el santuario, los retratos de Diego de Alcalá (s. XVIII) salvados de las llamas en 1775 ni las tallas de madera. El museo, por detrás de la iglesia, expone objetos hallados durante las excavaciones.