Fundada en 1874, la Sociedad de Historia Natural de San Diego abrió su primer museo en 1920 en la Casa de Balboa. El actual e impresionante edificio de dos plantas de la Plaza de Balboa fue construido en 1933. La restauración de marzo de 2001 dobló su superficie (ahora mide 13.500m2). Espectacular atrio de cuatro plantas con techo de cristal abierto sobre un teatro de 300 butacas. La mayoría de los más de 7 millones de ejemplares del museo forman parte de una nueva exposición permanente que recrea un paseo por la Baja California y el condado de San Diego, desde las profundidades marinas y las cumbres de las montañas hasta el desierto. El carácter interactivo de la exposición se ha acentuado con animales vivos, dioramas de última tecnología y ordenadores. Más exposiciones de geología y paleontología. Alberga también el Centro de Investigación de la Biodiversidad de California y el Centro de Educación y Ciencias Medioambientales.