Las excavaciones realizadas entre 1939 y 1950 por iniciativa de Pío XII sacaron a la luz la necrópolis pagana que el emperador Constantino mandó colmatar para construir la basílica primitiva. Este cementerio romano está formado por dos hileras de tumbas (de los ss. I a IV) separadas por el llamado "muro rojo", perteneciente a un edículo del s. II conocido como el Trofeo de Gaius bajo el cual fue descubierta la tumba de san Pedro. Una de las tumbas está adornada con mosaicos cristianos anteriores al s. IV.