La ciudadela, asentada en el cerro del Paleokastro, dibuja una corona de piedra de 1 300 m de diámetro que domina toda la ciudad y ofrece una espléndida panorámica que engloba el mar y la montaña. Construida entre 1573 y 1580, sirvió de refugio a los habitantes durante el asedio de 1646 que habría de saldarse con la victoria de los turcos. Su recinto amurallado, reforzado con cuatro bastiones, albergaba edificios públicos, hoy destruidos en su mayoría.