La iglesia pertenece al conjunto arquitectónico del Klementinum, que incluye un total de tres iglesias. Las obras de construcción empezaron en 1578, con un estilo renacentista, pero las reformas emprendidas en 1640 por el arquitecto Carlo Lurago le dieron su aspecto barroco actual. Las torres se añadieron en 1714. Las estatuas de la fachada fueron realizadas por el escultor Jan Bendl.