Centro de la secta Hosso, este templo (680) es uno de los más antiguos y venerados de la ciudad. Gravemente dañado por el fuego en 973 y 1528, Yakushi-ji fue enteramente reconstruido con excepción del To-to, la pagoda del Este, de 34 m y tres alturas aunque parezca tener 6 a causa de los tejadillos intermedios. El Kon-do, hall principal (1635), alberga una gran triada en bronce del Buda Yakushi de 697, muy marcada por el estilo naturalista de los Tang chinos. El Toin-do, o pabellón del Este (1285), destaca por su Sho Kannon, del s. VII e influencia india.