Sus fondos, compuestos en buena parte por el material hallado en Herculano, Pompeya y Estabia, lo convierten en uno de los museos más importantes del mundo para el estudio de la antigüedad griega y romana. Las exhaustividad y belleza de sus colecciones lo convierten asimismo en el complemento indispensable de la visita a Pompeya y Herculano. Colección Farnesio de esculturas, mosaicos, gabinete secreto, Villa dei Papiri, salas del templo de Isis, objetos de plata, vasos, salas de los frescos... La vista no sabe dónde posarse.