Esta cripta fue descubierta en 1956 a raíz de la construcción de un aparcamiento. Marcial y sus dos compañeros descansaban en dos grandes sarcófagos. En el ángulo opuesto se encuentra la galería enlosada en la que se encontraba la tumba de santa Valeria, al parecer una merovingia benefactora del templo. Tras atravesar una sala con un enorme sarcófago de granito (s. IV), se accede a los sótanos de las iglesias de San Pedro y San Benito, construidas sobre un antiguo cementerio paleocristiano.