Obra maestra del gótico isabelino, la Capilla Real fue realizada por Enrique Egas. En su interior, la espectacular reja del maestre Bartolomé de Jaén cierra el crucero, donde se encuentran el mausoleo de los Reyes Católicos y el de su hija Juana la Loca y su esposo. El altar mayor está presidido por un magnífico retablo plateresco. El museo alberga objetos de gran valor histórico, así como una extraordinaria colección de obras de maestros españoles, flamencos e italianos.