El padre Fermín Lasuén fundó la 14ª misión de California en 1797, bautizada en honor a San José. La actual iglesia reproduce fielmente el primer templo permanente de adobe de la misión, construido en 1809 y destruido por un terremoto en 1868. Exterior sencillo y sin adornos. Su interior refleja el periodo de 1833 a 1840, con una réplica ornamental en pan de oro de los retablos y tallas históricas. Escultura de San José (de 1600) y de la Virgen (s. XVIII) de origen español y mexicano respectivamente; en los altares del fondo, esculturas de Cristo (principios del s. XIX) y de San Buenaventura (1808). Pila bautismal de cobre (1830), pintada por Agustín Dávila, autor del interior de la iglesia original. Un pequeño jardín separa la iglesia del convento original de adobe, transformado en museo sobre la historia de la misión ,con objetos de culto y de los indios americanos.