El museo de Pintura reúne numerosos lienzos de la escuela veneciana del s. XVI como La Anunciación del Veronés y La Natividad de Tintoretto. Van Dyck y Rubens también están representados así como Lucas Jordán, Zurbarán, Ribera... No deje de ver El Martirio de San Mauricio y la legión tebana del Greco, tan original que el propio monarca lo rechazó por encontrarlo demasiado chocante. El museo de Arquitectura ilustra las obras de construcción del monasterio.