El museo ocupa el fuerte de San Juan, bastión que defendía la ciudad de los ataques marítimos. La primera planta recuerda la historia de la marina local. La segunda planta, más amena, resume la historia de la marina mercante local, durante los ss. XIX y XX, mediante espléndidas maquetas que reproducen veleros, barcos de vapor y los primeros trasatlánticos. Otros objetos -como bonitos cofres de marinero de madera pintada, un botiquín o un sinfín de instrumentos de navegación- ayudan a imaginar la vida a bordo.