Retraza la evolución de Cuzco desde los tiempos prehistóricos hasta la época del Virreinato, pasando por los períodos preincaico e incaico. Más interesantes resultan las colecciones de pinturas de la Escuela de Cuzco presentadas en las galerías de la primera planta: serie del hijo pródigo de Diego Quispe Tito, pinturas tenebristas de Juan Espinoza de Los Monteros, estilo barroco indigenista de Marcos Zapata.