El MAEC repasa, a lo largo de sus cuatro plantas, la historia de la ciudad, desde la Edad del Bronce hasta nuestros días. Las colecciones más importantes conciernen la época etrusca y recuerdan que Cortona era una de las ciudades estado más ricas de Etruria; pero el museo conserva también un interesante conjunto de objetos egipcios, así como importantes pinturas y cerámicas de los ss. XIV al XVIII.