Esta iglesia se erigió en la parte más alta de la ciudad en el s. XIII, aunque fue bastante reformada primero en el s. XVIII y sobre todo en el s. XIX. En el interior destaca el sepulcro gótico de la santa, rematado con unos gabletes bastante originales. Su cuerpo está expuesto en el altar mayor. Desde la explanada podrá disfrutar de unas bonitas vistas de la ciudad, el valle al fondo y el lago Trasimeno. En la via Santa Margherita podrá ver las 14 estaciones de un vía crucis realizado por el mosaiquista Romualdo Mattia según dibujos de Severini.