El museo alberga piezas relacionadas con la hermandad de la Santa Casa de la Misericordia, paneles de azulejos renacentistas y del s. XVIII, así como retratos de los benefactores de esta institución caritativa. En la capilla de la Misericordia destaca la bóveda del altar mayor, decorada con símbolos religiosos y profanos relacionados con los Grandes Descubrimientos; la sacristía está totalmente recubierta de azulejos. Desde lo alto de la torre del Reloj podrá disfrutar de una magnífica vista de la ciudad.