Escondida detrás de un jardín, esta iglesia de fachada barroca del s. XVII, bastante más sobria que la de la Catedral, es sin duda el primer santuario cristiano fundado en Perú. Cerca del altar mayor, se accede a las catacumbas. La iglesia está adosada a un convento que puede visitarse y que ocupa el emplazamiento de un templo o de un palacio que los españoles conocían con el nombre de Fuente del Inca.