Este museo ocupa la parte central de un amplio y moderno complejo diseñado por Juan Navarro Baldeweg que también incluye el Palacio de Congresos y un centro de investigaciones arqueológicas. El museo se centra en el yacimiento arqueológico de la Sierra de Atapuerca, la teoría de la evolución de Darwin y la historia de la evolución humana, compara al hombre actual con el cazador-recolector de hace 9.000 años y reconstituye los ecosistemas fundamentales de la evolución humana: bosque, sabana y tundra-estepa.