Sucediendo a los ermitaños que habían cristianizado la "fuente de la Roca", los monjes se instalaron en un primer momento en las grutas del acantilado, posteriormente las utilizarían como dependencias o refugios cuando los edificios abaciales sufrieron destrucciones. Podemos destacar el calefactorio, el lavadero, el palomar y, sobre todo, la enigmática gruta del Juicio Final -decorada con bajorrelieves- y la fuente milagrosa de la Roca.