En sus 7 000 m2 se aborda desde una perspectiva didáctica lo que fue la actividad marítima, comercial e industrial del puerto de Bilbao. El bajo se centra en el desarrollo de la ría en el s. XIX. Contemple el pecio de Urbieta (s. XV), reflotado en 1998 en el estuario de Guernica. El segundo nivel está dedicado a Bilbao en tanto que puerto comercial e industrial y a sus astilleros (con ayuda de fotos, maquetas, cartografía y documentales). Fuera del museo se encuentran algunos barcos abiertos a la visita.