Este convento dominico fundado a finales del s. XV fue residencia de verano de los Reyes Católicos y sede de la Universidad. Su iglesia, de una sola nave y con dos tribunas, alberga el bonito mausoleo de alabastro del infante don Juan, realizado por Domenico Fancelli en 1512. Los claustros del Noviciado (de gran sencillez), del Silencio (pequeño e íntimo) y de los Reyes (Museo de Arte Oriental) conducen a la tribuna del coro y a la del altar mayor, desde donde podrá contemplar de cerca el retablo de Santo Tomás, una de las obras maestras de Berruguete.