Esta basílica del s. XVI rodea la Portioncule, edificada alrededor del año mil: aquí consagró san Francisco los esponsales de Clara con Cristo. El santo murió en la vecina capilla del Tránsito el 3 de octubre de 1226. Además de hermosos frescos dedicados a los franciscanos y de un políptico de terracota barnizada de Andrea della Robbia, se ve el rosal al que se arrojó el santo para huir de la tentación, la gruta donde oraba y una estatua del santo sobre la que se posan las palomas.