Su bella fachada plateresca (1543), obra de Rodrigo Gil de Hontañón, se compone de tres cuerpos coronados por una balaustrada. El majestuoso Patio Mayor de tres pisos, fue diseñado por Juan Gómez de Mora, discípulo de Herrera. Atravesando el Patio de los Filósofos se accede al hermoso patio trilingüe (1557), así llamado porque en él se enseñaban latín, griego y hebreo. Aquí se halla el acceso al Paraninfo, que posee un maravilloso artesonado mudéjar con lacerías.