La visita comienza en la primera planta con la obra maestra del museo: el San Sebastián de Andrea Mantegna. Si bien el artista trató el sujeto en otros dos lienzos, la versión de la Galería Franchetti, aun inconclusa, es la que tiene mayor dramatismo. En el amplio portego, que se asoma al Gran Canal mediante una bonita logia puede verse una colección particularmente interesante en la que se ilustran, entre otros, Vittore Carpaccio, Luca Signorelli, Jacopo del Sellaio, Tiziano, Tintoretto y Van Dyck.