Esta basílica contigua a la ciudadela fue construida por orden del emperador Justiniano (s. VI) para venerar a san Juan. Se piensa que este fue el lugar en el que el apóstol escribió su evangelio a la vuelta de su exilio en Patmos y poco antes de morir. Los restos de su basílica permiten imaginar cómo eran los santuarios bizantinos primitivos: tres naves y un crucero cerrado por el ábside. El edificio integra una innovación que habría de tener mucha repercusión en el futuro: las cúpulas.