El antiguo convento de San Francisco alberga el Museo Regional de Querétaro. Este magnífico convento del s. XVI, que ha sido reformado en varias ocasiones, está construido alrededor de tres patios decorados con mosaicos y plantados con mandarinos. La planta baja está dedicada a la arqueología y a la cultura otomi. El piso de arriba acoge una colección de pintura de los ss. XVII y XVIII particularmente interesante (obras de Cristóbal de Villalpando y de Juan Correa). Varias salas están dedicadas a la Independencia y al trágico final de Maximiliano.