La recia ciudadela que se alza por encima de la ciudad y la rada de Pilos fue construida por los otomanos en 1573 y restaurada por los franceses poco después de la batalla de Navarino. Sus poderosas murallas, reforzadas al sur por imponentes torres, tienen un perímetro de 1.566 m y brindan una magnífica panorámica de la rada. Un museo a la izquierda de la entrada expone objetos hallados en los yacimientos de la zona, abarcando de la Prehistoria al periodo romano.