Si bien es verdad que del conjunto se desprende una rigidez propia de los edificios construidos por los franciscanos, la iglesia, con una fachada sumamente sobria, deja paso a un espléndido retablo del s. XVI. Fíjese también en los frescos que decoran la bóveda o la Sala de Profundis, en la que están representados los primeros franciscanos del Nuevo Mundo. El patio central está enmarcado por cuatro capillas muy historiadas (capillas Posas).