Pasado el pórtico de los Naxianos, cuyas ruinas se extienden a la izquierda de los propileos, alcanzamos el corazón del santuario, el témenos. Aquí se sucedían tres templos dedicados a Apolo, cuyos vestigios se alinean uno detrás de otro. Al oeste de la vía sacra se encuentra el templo dedicado a Artemisa, que alberga los dos fragmentos que nos han llegado de la estatua de Apolo Naxiano (s. VI a.C.). La salida se hace por el pórtico de Antígona Gonatas.