Instalado en el Palacio del Almirante, estructura de estilo plateresco muy recargada, expone joyas, momias, cerámicas, armas y tejidos incas, y sobre todo, una colección única de 450 vasos de madera (qeros) pintados. Sin embargo, más que por los objetos y obras de arte allí reunidos, el museo merece la pena por la panorámica completa e instructiva que aporta de la civilización inca, desde sus orígenes hasta su caída, e incluso más adelante.