El valle de Viñales es también conocido por sus cuevas, algunas de ellas anecdóticas como la mini cueva del Indio o la cueva de San Miguel, transformada en sala de baile. Si le interesa la espeleología tiene que visitar la cueva de Santo Tomás, la mayor de toda Latinoamérica, que está surcada por un río subterráneo de 45 km de longitud. El recorrido está muy bien organizado y resulta bastante impresionante.