Los objetos expuestos en este museo fueron descubiertos la isla: en Lilibeo (la actual Marsala) y en la necrópolis de Birgi, en la costa, por el arqueólogo Giuseppe Whitaker. Cerámicas fenicias y vasos griegos constituyen lo esencial de la colección, si bien su pieza más destacada es una escultura: el efebo de Motia, un joven de atléticas formas apenas disimuladas bajo una larga túnica finamente plisada.