Machupicchu Jonatan dispone de habitaciones en Machu Picchu, cerca de Baños termales de Machu Picchu y de Estación de Machu Picchu. El alojamiento está a unos 3 min a pie de Parada de autobús, a 400 metros de Parque Wiñaywayna y a 2,2 km de Museo de Sitio Manuel Chávez Ballón. El alojamiento ofrece servicio de habitaciones y recepción 24 horas.