El museo de Évora, ubicado en el antiguo palacio arzobispal (s. XVI), alberga colecciones de arte y arqueología. En él se admiran en concreto el cenotafio (s. XVI) del obispo Afonso de Portugal, un bello sarcófago de mármol de 1364 y lienzos de Francisco Henriques (pintor de cámara de Manuel I) y de Gregório Lopes, en cuyas obras se aprecia la influencia del manierismo. La sección de arte sacro incluye trece pinturas del antiguo retablo flamenco de la catedral.